חיל האוויר שיצא למלחמת יום הכיפורים נחשב לטוב מסוגו בעולם. בשנים שקדמו למלחמה הוא קיבל כמחצית מתקציב הביטחון, הוציא משירות את רוב המטוסים המיושנים שבאמצעותם ניצח ביוני 1967 והכפיל את מספר מטוסי הקרב שלו. טייסיו היו עתירי ניסיון מבצעי ואלופי העולם בהפלות מטוסים. לכול היה ברור שאם תפרוץ מלחמה, חיל האוויר לא רק יביס את יריביו הערביים, אלא גם יסלול את הדרך לכוחות היבשה. 
ציפיות אלה נכזבו. בימי המלחמה הראשונים והקשים ביותר חיל האוויר סייע באופן חלקי בלבד לכוחות היבשה, וכמעט עד סוף המלחמה הוא לא הצליח לממש את מלוא יכולותיו ולתרום באופן משמעותי להשגת הניצחון. השאלה מדוע זה קרה לא קיבלה תשובה מלאה עד היום. היא נותרה חור שחור בהיסטוריה של המלחמה.
מלחמה משלו הוא המחקר הראשון שמתאר ומנתח את הדרך שבה פעל חיל האוויר לאורך כל המלחמה על סמך תיעוד מקורי מדיוני הקבינט, המטכ"ל ומטה חיל האוויר ופירוט תוכניות החיל ומבצעיו בפועל. אורי בר־יוסף מציג את השורשים והסיבות להתנהלות החיל ושופך אור על החמצותיו הגורליות.
_ הכאוס שיצרו פקודותיו המבולבלות של מפקד החיל בתחילת המלחמה.
_ הפסקת מבצע "תגר", להשמדת מערך הטילים בתעלה, כישלון מבצע "דוגמן" להשמדת מערך הטילים בגולן והשלכותיהם.
_ הדבקות במבצעי "נגיחה" לתקיפת שדות תעופה, למרות תועלתם המצומצמת.
_ התרומה השולית של חיל האוויר לקרבות המרכזיים במלחמה.
_ מחדל אי־תקיפת כוחות המשלוח העיראקיים לאורך כל המלחמה.
_ התקיפה ההרואית של המטכ"ל הסורי מול השפעתה המינורית.
_ הדיווחים המסולפים של מפקד חיל האוויר לרמטכ"ל על כוחו של החיל.
מלחמה משלו הוא קריאת תיגר על הגרסה של חיל האוויר למלחמה. זהו מחקר מטלטל ופורץ דרך. 

פרופסור (אמריטוס) אורי בר־יוסף לימד במחלקה ליחסים בינלאומיים באוניברסיטת חיפה. מלחמה משלו הוא ספרו השמיני.